交通学院2009年继续贯彻“稳定项目数量、控制经费增长、提高成果水平、逐步实现交通学院科研工作从以横向工程技术开发为主向以纵向基础科学研究为主的转变”的科研工作目标，取得了显著成绩。
⑴ 国家重点基础研究项目、国家重点工程项目的承接取得新进展
继去年新增11项国家自然科学基金项目后，本年度又新增13项国家自然科学基金项目，获国家自然科学基金资助项目数再创新高，在全校名列前茅，其中，新增国家自然科学基金项目中青年基金为8项，标志着青年教师正逐步成长为我院基础研究的骨干。
继续参与国家重大工程项目建设与科学研究。我院继续担任全国城市交通“畅通工程”专家组组长单位，并在 “苏通大桥”、“沿海大通道”等国家重大工程中以及“国家道路交通安全科技行动计划”等国家重大科学研究计划中承担相关科技攻关与技术服务工作。
道路交通安全领域研究取得突破。在全面启动的国家道路交通安全科技行动计划中承担了“国家高速公路安全和服务技术开发与工程应用示范”、“全民交通行为安全性提升综合技术及示范”、“区域公路网交通安全态势监测、评估及应急指挥”以及“道路交通安全执法技术及大范围应用”等4项课题的研究任务，道路交通安全已经成为学院新的重点研究领域。
⑵ 科技成果丰硕
由我院桥梁学科叶见曙教授参与完成的《公路在用桥梁检测评定与加固成套技术》成果获2009年度国家科技进步二等奖。至此，2000年以来我院已经先后获得国家科技进步奖7项，获奖数居全校首位，充分显示了我院的科技水平。
全院今年共获得省部级科技进步奖、优秀设计奖、优秀咨询奖14项；积极组织优秀研究成果的鉴定，全年共有37项科研成果进行了鉴定、评审或验收，研究成果都达到了国内领先或国际先进水平。
本年度共获国家发明专利授权16项、受理国家发明专利35项，发明专利申报数保持稳定增长，授权专利数有明显增长。发明专利已经成为我院科研成果的重要组成部分。
全年共发表学术论文400余篇，出版著作、教材24部。
⑶ 科研项目数量稳定，科研经费继续保持增长
全年在研科研项目达300多项，科研经费到款首次突破1亿元，科研工作进入新的发展阶段。
科研项目经费从以横向为主向纵横向并重转变取得明显成效，国家重点学科纵向经费比例平均超过45%，交通运输规划与管理国家重点学科纵向经费比例超过52%。
地信学科科研工作取得突破，测绘、载运、桥梁、港航等学科科研工作稳步发展，为各学科的快速发展创造了条件。
⑷ 科研基地建设取得新进展，成为承担重大科研项目的平台
“985”、“211”三期设备基本到位，改善了科研条件，有力地促进我院科研水平的进一步发展。
国家道路交通管理工程技术研究中心东南大学分中心通过验收，新设立东南大学道路交通安全工程技术研究中心，在“畅通工程”、“交通安全科技行动计划”等国家重大工程以及国家重大科学研究计划中承担重要科技攻关任务，已成为国内培养高层次人才和从事重大科研工作的基地。
⑸ 积极组织参与交通领域“十二五”科技发展战略研究
精心组织相关学科骨干教师，承担、参与国家科技部、国家自然科学基金委员会、公安部、住房和城乡建设部、交通运输部等不同层面的国家级交通领域“十二五”科技发展战略编制工作，为“十二五”的科研工作发展奠定基础。