在全院教职工的共同努力下，2006年度交通学院的科研工作无论在科研成果和基地建设等方面取得了优异成绩。
⑴ 重大科研项目取得新进展
积极组织申报国家863项目、科技部支撑项目，自然科学基金项目及省市科研项目，已获得科技部支撑项目4项，863项目1项，新获得国家自然科学基金资助项目3项。
继续参与国家重大工程项目建设与科学研究。我院参加的国家重点工程“苏通大桥”、“畅通工程”、“沿海大通道”、“杭州湾大桥”等重大工程的相关科研与技术服务项目进展顺利。
本年度国际合作项目取得突破，获得了三项国际合作项目。
⑵ 科技成果丰硕
1.全院今年获得国家科技进步二等奖一项，教育部、交通部、江苏省、等省部级科技进步奖14项，其他各类奖励19项。
2.积极组织优秀研究成果的鉴定，全年共有40项科研成果进行了鉴定，大部分成果达国际先进水平，部分成果达国际领先水平。
3.发明专利实现跨越，共获得国家发明和实用新型专利12项。
4.全年共发表学术论文500余篇，出版著作、教材12部。
⑶ 科研项目稳定发展，科研经费继续领先
1.全年在研科研项目达329项，科研经费合同金额达11508万元，实际到款超过7300万元，连续八年保持全校各院系之首。
2.测绘工程、港航工程、地理信息工程学科科研工作稳步发展，均取得了多项科研项目，为学科跨越发展奠定了基础。
⑷ 科研基地建设取得突破
1.交通工程学科江苏省重点实验室通过江苏省教育厅验收，获得了优秀评价。
2.道路与铁道工程实验室建设跃上新台阶，正积极申报交通部重点实验室。
3.岩土工程学科获得“十一五”江苏省重点学科，为学科快速发展奠定了坚实基础。
结合九龙湖校区规划，完成校“985工程”公共基础与教学创新平台项目，成立了东南大学交通实验中心，使各专业教学实验条件大大改善，为教学科研提供了有力的保障。