交通学院2008年贯彻“稳定项目数量、控制经费增长、提高成果水平、逐步实现交通学院科研项目从以横向工程技术开发为主向以纵向基础科学研究为主的转变”的科研工作目标，取得了显著成绩。
⑴ 国家重点基础研究项目、国家重点工程项目的承接取得新进展
继去年学院承接一批863项目、国家十一五科技支撑项目后，本年度学院又新增11项国家自然科学基金项目，新增国家自然科学基金项目数位居全校第一。同时值得关注的是，新增国家自然科学基金项目中，青年基金占有重要的比例，标志着青年教师正逐步成长为我院基础研究的骨干。
继续参与国家重大工程项目建设与科学研究。我院继续担任全国城市交通“畅通工程”专家组组长单位，并在 “苏通大桥”、“沿海大通道”、“杭州湾大桥”等国家重大工程中以及“交通安全科技行动计划”等国家重大科学研究计划中承担相关科技攻关与技术服务工作。
本年度国际合作项目取得新进展，开展了多项国际合作项目。
⑵ 科技成果获重大突破
由我院道路学科黄晓明教授参与完成的《多年冻土青藏公路建设和养护技术》成果获2008年度国家科技进步一等奖；黄卫教授参与完成的《润扬长江公路大桥建设关键技术研究》成果获2008年度国家科技进步二等奖。至此，2000年以来我院已经先后获得国家科技进步奖7项，获奖数居全校首位，充分显示了我院的科技水平。
全院今年获得省部级科技进步奖、优秀设计奖19项，其他各类学术奖励7项。积极组织优秀研究成果的鉴定，全年共有40余项科研成果进行了鉴定、评审或验收，理论性研究成果都达到了国际领先或国际先进水平，应用性研究成果都达到了国内领先或国内先进水平。
本年度共获授权、公开或受理国家发明专利38项，发明专利申报数量有跨越式增长，长期以来我院发明专利数量明显滞后于其他科研成果的状况得到扭转。
全年共发表学术论文500余篇，出版著作、教材16多部。
⑶ 科研项目数量稳定，科研经费继续保持全校第一
全年在研科研项目达260项，科研经费合同金额达12940万元，实际到款超过9000万元，连续十一年保持全校各院系之首。
科研项目经费从以横向为主向纵横向并重转变取得明显成效，在研项目经费中国家级、省部级项目科研经费比例上升到四分之一。
岩土学科科研工作取得突破，为学科跨越发展奠定了基础。测绘、载运、桥梁、港航、地信等学科科研工作稳步发展，均取得了多项科研项目，为学科快速发展创造了条件。
⑷ 科研基地建设取得新进展，成为承担重大科研项目的平台
交通、道路、岩土等学科“985”二期设备基本到位，大大改善了科研条件，将有力地促进我院科研水平的进一步发展。
国家道路交通管理工程技术研究中心东南大学分中心、江苏省交通规划与管理重点实验室等科研基地进入良性发展循环，在“畅通工程”、“交通安全科技行动计划”等国家重大工程以及国家重大科学研究计划中承担重要科技攻关任务，已成为国内培养高层次人才和从事重大科研工作的基地。